a. 以T7啟動(dòng)子的質(zhì)粒為模板:為了得到特定長(zhǎng)度的RNA,質(zhì)粒模板必須完全線性化(需要純化后作為模板),且線性化的質(zhì)粒確保雙鏈為平末端或5’突出端(避免出現(xiàn)3’突出端),每個(gè)反應(yīng)建議模板量為1 μg;
b. 以T7啟動(dòng)子的PCR產(chǎn)物或合成的DNA片段為模板:PCR擴(kuò)增模板時(shí)將T7啟動(dòng)子(5’-TAATACGACTCACTATAGGG-3’)加到非編碼鏈引物的5‘端。PCR產(chǎn)物可以不經(jīng)純化直接作為轉(zhuǎn)錄模板,但純化后會(huì)產(chǎn)出更多的RNA,每個(gè)反應(yīng)建議模板量為0.5 μg左右。
5. 轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物定量、檢測(cè):通過(guò)紫外吸收法可以測(cè)定RNA濃度(游離核苷酸會(huì)影響定量的準(zhǔn)確性,RNA產(chǎn)物需要純化);電泳檢測(cè)推薦采用1%甲醛瓊脂糖變性膠檢測(cè),電泳液為1×MOPS Buffer(10×MOPS Buffer:0.4 M MOPS,pH 7.0,0.1 M Sodium Acetate,10 mM EDTA)。凝膠制備方法:稱取0.5 g瓊脂糖加入36 mL RNase-Free Water中,加熱溶化后,加入5 mL 10×MOPS Buffer。待溶液冷卻至不燙手時(shí),加入9 mL甲醛溶液(37%),混勻后倒膠。電泳檢測(cè)時(shí)取適量RNA與RNA Loading Buffer混合,70℃孵育10 min后冰浴2 min,全部點(diǎn)樣。電泳結(jié)束后用EB或SerRed染色觀察。